唐朝德宗時，福建觀察使柳冕曾在紅山設立牧馬區，前有牧祠、軍營，後有牧馬寨、草堂等。
元代成宗大德元年時建立浯洲鹽場，當時金門鹽場共十處，分為上、下埕各五處，烈嶼屬於下埕五處之一。
明朝初為禦寇設有烈嶼巡檢司，隸屬於福建泉州府，並作為地方警備的巡視功能。巡檢司城於吳山頂（烈嶼城，今已廢）與金門城（舊金城）遙相犄角，控制南方海疆的門戶。另鄭成功為反清復明，會盟文武群臣於烈嶼吳山，奠下爾後驅荷復台之千秋大業。
